В правление Ивана Грозного ещё больше укрепляет свои позиции поместное дворянство. В нашем крае местное дворянство вступает на государственную службу, получая за неё поместья. Видную роль в правительстве Ивана 4 в первые годы его царствования играл костромской дворянин А. Ф. Адашев. Царь поручил ему командование войсками в Ливонии. Но уже с конца 50 - х годов 16 века влияние Адашева в правительстве стало всё больше и больше падать. В сентябре 1560 года указом Ивана 4 он был отстранён от руководства военными действиями в Ливонии, заключён под стражу и сослан в Юрьев, где и умер в 1561 году. Для дальнейшего усиления власти и закрепощения крестьянства Иван Грозный ввёл опричнину. В опричнину были переданы Галич со всеми пригородами (Чухлома, Унжа, Соль Галицкая), Кострома и Нерехта. Многие костромские бояре, противники опричнины, лишались вотчин, были высланы, посажены в тюрьму. В 1569 году последний удельный князь, двоюродный брат Ивана Грозного, Владимир Андреевич Старицкий, отправляясь в Астрахань для организации её защиты от турок, остановился на некоторое время в Костроме. Местная знать, поддерживая притязания этого князя на престол, вступила на путь тайных переговоров. Царь прервал поездку князя, срочно вызвал его в Александровскую слободу и заставил самого В. А. Старицкого, его жену и детей принять яд. Со смертью В. А. Старицкого прекратило существование последнее удельное княжество. Опричнина окончательного подорвала власть бояркняжат: в бывших уделах осталась единая власть царя.
