Несмотря на господство татаро-монголов и разорение районов Северо-Восточной Руси, трудом народа стали постепенно возрождаться сельское хозяйство и ремесло.

В ХIV-конце ХV вв. росли крупные вотчины костромских и галицких бояр, владения монастырей.

В конце ХIII века на вотчинных землях богатых костромских бояр Зерновых был основан Ипатьевский монастырь. Монастырь имел важное стратегическое значение, так как прикрывал доступы к Костроме.

Появились первые помещики – слуги князя, которых он наделял землёй за службу.

Усилилась феодальная эксплуатация зависимого крестьянства со стороны духовных и светских феодалов края. Крестьяне платили натуральный оброк, исполняли многочисленные барщинные работы.

Ведущим промыслом в крае стало СОЛЕВАРЕНИЕ. Соляные варницы находились в Нерехте по течению реки Солоницы, у Больших и Малых Солей, у Соли Галицкой.

Наиболее крупные варницы принадлежали великому князю, московским боярам Морозовым.  Велась широкая торговля солью.

Усиление гнета и ухудшение положения ремесленников привело к тому, что в 1315, 1316 и 1320 годах произошли крупные вечевые антифеодальные восстания  в Костроме, а также в Ростове и Ярославле.

В первой четверти  ХIV века ожесточенную борьбу за политическое влияние вели между собой московские и тверские князья. Хан решил спор в пользу московского князя, и ярлык на великое княжение  получил Юрий Данилович.

С  ханским послом и татарским отрядом он двинулся из Золотой Орды по Волге к Костроме.  Сюда же навстречу Юрию выступил  и тверской князь Михаил Ярославич. Готовясь к битве, московский князь занял позиции на правом берегу Волги в районе Городища. Войска тверского князя расположились в самой Костроме. Но дело, к счастью, до открытого  столкновения не дошло: противники согласились на перемирие…

После смерти Юрия Даниловича московским князем стал его брат Иван Данилович Калита (1325-1341). В 1328 году он получил в Золотой Орде ярлык на половину великого княжения владимирского,  в состав которого входила и Кострома с примыкавшей к ней территорией. Свои владения в Костромском крае московский князь, неслучайно прозванный Калита (т.е. денежный мешок) расширил путем покупок. Так у наследников Галицкого князя им был куплен город Галич, а в районах Костромского княжества село Селище под Костромой.  Этим самым было положено в 1340 году начало присоединения Костромского и Галицкого княжеств к владениям Москвы.

Московский князь Дмитрий Иванович  окончательно присоединил в 1364 году оба княжества к Москве. Но если бывшее костромское княжество было целиком подчинено Москве и управлялось наместниками, то Галицкое управлялось князьями московской династии. Оно стало отдельным, самостоятельным удельным владением родственников московского князя.

В 1380 году по призыву московского князя Дмитрия Ивановича против войска хана Мамая выступили и костромичи. Командовал ратниками костромской воевода Иван Родионович Квашня.

Новый правитель Золотой Орды хан Тохтамыш в 1382 году совершил неожиданное нападение на Москву. Дмитрий Донской с малыми силами отошёл сначала в Переславль, а затем в Кострому. Н.М.Карамзин так пишет об этом:«Великий князь, потеряв бодрость духа, вздумал, что лучше обороняться в крепостях, нежели искать гибели в поле. Он удалился в Кострому с супругой и детьми, желая собрать там более войска...»

В середине XV века Василий II после упорной борьбы ликвидировал Галицкое княжество. Им стали управлять наместники великого князя. Чтобы защитить костромской край от набегов казанских татар, по указанию Василия II была образована целая система укреплений в Ветлуге, Унже, Кологриве, Галиче, Парфеньеве и Чухломе.